[2022] Next Generation Sequencing ChIP-seq , 데이터 처리 분석 및 활용 (개설 준비 중) 수료증
모집인원1,000명
학습기간2022-10-03 ~ 2022-12-31
10월중 개설 예정입니다.
강의 소개 및 개요입니다.
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성명 |
한남식 |
소속기관 |
케임브리지대학교 |
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과목명 |
Next ChIP-seq Generation 데이터 처리, Sequencing 분석 및 활용
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강의시간 |
2 |
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학습목표 |
지난 10여년 동안 분자생물학 분야에서는 그동안 전례 없는 규모의 새로운 발견들이 연이어 보고되고 있다. 이 배경에는 비약적 발전을 거듭하고 있는 차세대염기서열분석 실험기법들 (Next Generation Sequencing)이 있다. 차세대염기서열 실험기법들 중에 가장 먼저 개발되 있으며 가장 보편적으로 사용되는 기법이 바로 ChIP-seq (Chromatin Immuno Precipitation with massively parallel DNA sequencing)이다. 본 강의는 생명정보학 기술 로 어떻게 ChIP-seq 데이터를 분석 하는지를 이론 및 실습형으로 진행한다. |
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강의 선수과목 및 준비사항입니다.
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선수과목 |
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참고자료 |
http://www.genome.org/cgi/doi/10.1101/gr. 136184.111
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준비사항 |
Galaxy 플랫폼 회원 가입 (https://usegalaxy.org) |
Next ChIP-seqGeneration 데이터 처리,Sequencing 분석 및 활용 강의 과정입니다.
| 1 | FASTQ files 같은 raw sequencing read files 을 가지고 시퀀싱의 품질을 검 사하는 단계부터 시작하여 표준유전체에 mapping 하고 binding site를 찾아내며 이를 시각화 하고 다양한 방법으로 분석하는 방법들을 설명한다. 또한, ChIP-seq 실험을 이용하여 성공적으로 새로운 생물학적 발견을 이루어낸 연구 들을 소개한다. ChIP-seq 데이터 분석에 대한 사전지식이나 컴퓨터 프로그래밍 경험이 없어도 세미나를 듣고 나면 직접 분석을 진행 할 수 있을 것이다. |
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실습은 아래 열거된 분석들을 수강생들이 Galaxy 플랫폼을 활용해 단계별로 분 석함 QC of sequencing reads (FastC) Read alignment/mapping (Galaxy/bowtie) Peak calling (Galaxy/macs) Binding signal visualization (UCSC genome browser) De novo motil discovery (MEME-ChIP) Gene ontology of binding sites (GREAT) Heatmap representation of binding signals (seqMINER) |