도킹 프로그램 사용 실습 수료증
모집인원999명
학습기간2024-03-01 ~ 2024-12-31
강좌 소개
강좌 소개 및 개요입니다.
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성명 |
홍승환 |
소속기관 |
한국제약바이오협회 |
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과목명 |
도킹 프로그램 사용 실습 |
강의시간 |
4 |
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학습목표 |
도킹에 필요한 단백질 구조를 선택하고, 단백질과 분자 전처리 방법을 설명 도킹 프로그램 (AutoDock Vina 및 변종, rdock 사용 실습 도킹 결과 구조를 분석하는 방법에 대해 설명한다.) |
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강의 선수과목 및 준비사항입니다.
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선수과목 |
protein data bank 분석, SMARTS를 이용한 분자 서브 구조 검색 |
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참고자료 |
도서, 웹사이트, 논문 등 |
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준비사항 |
강의에 필요한 환경 등 |
과정 소개
도킹 프로그램 사용 실습 강의 과정입니다.
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1 |
도킹 실습 환경 설정 (anaconda) openbabel, AutoDock tools 이용하여 단백질 전처리 및 리간드 초기구조 생성 도킹 프로그램 AutoDock Vina 및 변종 옵션 설명 및 도킹 실습 (Chimera GUI, command line) |
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2 |
pdbqt 파일포멧 설명 및 실습 도킹에 필요한 리간드 전처리 코드 작성 실습 docking 구조와 reference 구조 사이의 RMSD 계산 코드 실습 |
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3 |
다수의 분자에 대한 도킹 시뮬레이션과 도킹 결과 분석을 자동화하는 스크립트 작성 방법을 배운다 |