도킹 프로그램 사용 실습

도킹 프로그램 사용 실습 Certificate

Class Introduction

강좌 소개 및 개요입니다.

성명

홍승환

소속기관

한국제약바이오협회

과목명

도킹 프로그램 사용 실습

강의시간

학습목표

도킹에 필요한 단백질 구조를 선택하고, 단백질과 분자 전처리 방법을 설명

도킹 프로그램 (AutoDock Vina 및 변종, rdock 사용 실습

도킹 결과 구조를 분석하는 방법에 대해 설명한다.)

강의 선수과목 및 준비사항입니다.

선수과목	protein data bank 분석, SMARTS를 이용한 분자 서브 구조 검색
참고자료	도서, 웹사이트, 논문 등
준비사항	강의에 필요한 환경 등

Course Introduction

도킹 프로그램 사용 실습 강의 과정입니다.

도킹 실습 환경 설정 (anaconda)

openbabel, AutoDock tools 이용하여 단백질 전처리 및 리간드 초기구조 생성

도킹 프로그램 AutoDock Vina 및 변종 옵션 설명 및 도킹 실습

(Chimera GUI, command line)

pdbqt 파일포멧 설명 및 실습

도킹에 필요한 리간드 전처리 코드 작성 실습

docking 구조와 reference 구조 사이의 RMSD 계산 코드 실습

다수의 분자에 대한 도킹 시뮬레이션과 도킹 결과 분석을 자동화하는 스크립트 작성 방법을 배운다

Classification

Professor