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Metagenomics 데이터분석 기초
숭실대학교 김상수 교수님 유튜브 채널에서 제공하는 Metagenomics 강의입니다.
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참고문헌
- 위키피디아: metagenomics
- 위키피디아: microbiota
- 위키피디아: 16S ribosomal RNA
정의
- 메타제노믹스란 무엇이고 왜 필요하게 되었는가?
- 메타제노믹스란 개념이 처음 등장한 것은 언제인가?
- Microbiota/microbiome의 의미는?
방법론
- 16S rRNA amplicon sequencing
- Whole metagenome shotgun sequencing
대규모 연구 사업
- Human Microbiome Project에서 조사한 신체 부위는?
- Earth Microbiome Project의 목표는 무엇인가?
응용분야
- 농업
- 생명공학
- 생태학 및 환경개선
- 장내미생물 동정
- 감염병 진단
Lectures(57)
1 1 What Is Metagenome
04:00
1 2 History
10:00
1 3 Microbiota
13:00
1 4 Sequencing Methods
12:00
1 5 Microbiome Projects
12:00
2 0 introduction
04:00
2 1 16S rRNA
22:00
2 2 16S rRNA hypervariable regions
18:00
2 3 dual Indexing
07:00
2 4 MiSeq SOP of mothur
14:00
3 1 Fastq QC
14:00
3 2 OTU table
06:00
3 3 Biomarker
08:00
3 4 Example
10:00
3 5 Ending
07:00
4 1 Which Software
13:00
4 2 mothur Install
10:00
4 3 sample Data
22:00
4 4 silva pcr
06:00
5 1 make file
05:00
5 2 make contigs
13:00
5 2 make contigs
11:00
5 4 align seqs
18:00
6 1 pre-Cluster
13:00
6 2 chimera Vsearch
09:00
6 3 remove Lineage
11:00
6 4 seq Error
12:00
7 1 remove groups
07:00
7 2 dist seqs
08:00
7 3 cluster
18:00
7 4 make shared, 5 classify otu
05:00
8 1 taxonomy
19:00
8 2 asv
10:00
8 3 phylotype
14:00
9 1 diversity Overview
07:00
9 2 Richness and Evenness
11:00
9 3 MRR, rarefaction
09:00
9 4 calculators practice
11:00
9 5 rarefaction curve by R
19:00
9 6 diversity curve by R
13:00
A 1 beta diversity definition
12:00
A 2 PCoA
15:00
A 3 nmds
06:00
A 4 graphing
13:00
B 1 dist, tree
15:00
B 2 alpha PD
08:00
B 3 unweighted UniFrac
06:00
B 4 weighted UniFrac
11:00
C 1 amova
11:00
C 2 homova
08:00
C 3 correlation Axes
16:00
C 4 metastats
07:00
C 5 LEfSe
11:00
C 6 getCommunitytype
17:00
D 1 MGnify Introduction
10:00
D 2 MGnify Portal
22:00
D 3 MGnify Download
14:00
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