4 Course(s)
Professor
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Learning Period
10-07-2024 ~ 12-31-2029
Course Introduction
성명 석차옥 소속기관 갤럭스 / 서울대학교 강의 명 (주제) 인공지능 기반 단백질 신약 설계 (AI-based Protein Drug Design) 학습목표 - 인공지능을 활용한 단백질 신약 설계 파이프라인에 대한 이해 - 단백질 신약 설계에서의 구조 예측 모델의 중요성 이해 - AlphaFold2, RoseTTAFold 모델의 이해 (높은 성능에 기여하는 핵심 구성요소 파악) - AlphaFold3, RoseTTAFold-All-Atom 등 최신 생체 분자 구조 예측 모델 이해 - 단백질 신약 설계에 활용되는 모델의 원리 및 설계 응용 방법 이해 구조 생성 모델 / 서열 디자인 모델 / 면역원성 예측 모델 분야 AI,Bio,Drug 단계 심화
Students
91
인공지능 & 프로그래밍|
03-01-2024 ~ 12-31-2024
강의 소개 및 개요입니다. 성명 이원태 소속기관 연세대학교 과목명 단백질구조기반 신약설계법 강의시간 2 학습목표 - 왜 타겟 구조기반 신약설계가 필요한가 ? 고해상도 삼차원 구조기반 신약설계 및 적용 강의 선수과목 및 준비사항입니다. 선수과목 일반생물학, 생화학, 물리화학, 화학 참고자료 - 참고 논문 (별도로 공지) - 참고서: 1. Introduction to Protein Architecture, A. M Lesk, 2001, Oxford Press 2. Principles of Protein X-ray Crystallography, 2nd Ed. Jan Drenth, Springer, 199 3. Principles of Physical Biochemistry, Kensal E. van Holde, W. Curtis Johnson, P. Shing Ho, Pearson Prentice Hall, 2006 4. Drug Design & Development, Chris Rostron, Oxford Univ. Press, 2020 준비사항 없음
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생물학 & 생물정보학|
신약개발 & 제약산업|
강의 소개 및 개요입니다. 성명 석차옥 소속기관 서울대학교 과목명 신약개발을위한단백질구조예측및상호작용예측 강의시간 11 학습목표 1. 첨단 단백질 구조 예측 및 상호작용 예측의 원리를 배우고 예측 가능 범위를 파악한다.2. 신약개발에 활용될 수 있는 관련 소프트웨어 및 웹서버 활용법에 대해 익힌다. 강의 선수과목 및 준비사항입니다. 선수과목 선수과목 또는 관련과목 참고자료 https://www.rcsb.org/ Muhammed, Muhammed Tilahun, and Esin Aki‐Yalcin. "Homology modeling in drug discovery: Overview, current applications,and future perspectives." Chemical biology & drug design 93.1 (2019): 12-20.Ovchinnikov, Sergey, et al. "Protein structure determination using metagenome sequence data." Science 355.6322 (2017): 294- De Vivo M et al. Role of Molecular Dynamics and Related Methods in Drug Discovery. J. Med. Chem. (2016). Leaver-Fay A, Tyka M, Lewis SM, Lange OF, Thompson J, et al. "Rosetta3 an object-oriented software suite for the simulationand design of macromolecules". Methods Enzymol 487 (2010): 545–574.; Schoeder C T et al. "Modeling Immunity with Rosetta:Methods for Antibody and Antigen Design" Biochemistry 60 (2021): 825−846. C Norn et al, Protein sequence design by explicit energy landscape optimization. PNAS 2021. Mason, Derek M., et al. "Optimization of therapeutic antibodies by predicting antigen specificity from antibody sequence via deeplearning." Nature Biomedical Engineering 5.6 (2021): 600-612.https://wenmr.science.uu.nl/prodigy/https://zhanglab.dcmb.med.umich.edu/SSIPe/ 준비사항 노트북 사용, 사이트 가입, 프로그램 설치 등 준비사항 : FoldIt 웹사이트 가입 (https://fold.it/) : trDesign (https://github.com/gjoni/trDesign) 및 tensorflow 1.13 or 1.14
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강의 소개 및 개요입니다. 성명 이원태 소속기관 연세대학교 과목명 신약타겟 단백질구조결정학 강의시간 3 학습목표 - 왜 구조기반 신약설계가 필요한가 ? - 구조기반 신약설계에 필요한 질병 타겟 단백질들의 삼차원 구조규명 첨단기술을 학습 강의 선수과목 및 준비사항입니다. 선수과목 일반생물학, 생화학, 물리화학, 화학 참고자료 - 참고 논문 (별도로 공지) - 참고서: 1. Introduction to Protein Architecture, A. M Lesk, 2001, Oxford Press 2. Principles of Protein X-ray Crystallography, 2nd Ed. Jan Drenth, Springer, 199 3. Principles of Physical Biochemistry, Kensal E. van Holde, W. Curtis Johnson, P. Shing Ho, Pearson Prentice Hall, 2006 4. Drug Design & Development, Chris Rostron, Oxford Univ. Press, 2020 준비사항 없음
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