교수자/개설자

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학습기간

2024-11-07 ~ 2029-12-31

강좌소개

성명 박혜진 소속기관 에이조스바이오 강의 명 (주제) 딥러닝을 사용한 펩타이드 활성 예측모델 학습목표 딥러닝과 펩타이드 활성 예측의 기본 개념을 이해하고, 데이터 전처리 및 신경망 모델 설계 능력을 함양한다. 분야 □ AI ■ Bio □ Chem □ Drug 단계 심화

참여자수

31

교수자/개설자

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학습기간

2024-10-07 ~ 2029-12-31

강좌소개

성명 석차옥 소속기관 갤럭스 / 서울대학교 강의 명 (주제) 인공지능 기반 단백질 신약 설계 (AI-based Protein Drug Design) 학습목표 - 인공지능을 활용한 단백질 신약 설계 파이프라인에 대한 이해 - 단백질 신약 설계에서의 구조 예측 모델의 중요성 이해 - AlphaFold2, RoseTTAFold 모델의 이해 (높은 성능에 기여하는 핵심 구성요소 파악) - AlphaFold3, RoseTTAFold-All-Atom 등 최신 생체 분자 구조 예측 모델 이해 - 단백질 신약 설계에 활용되는 모델의 원리 및 설계 응용 방법 이해 구조 생성 모델 / 서열 디자인 모델 / 면역원성 예측 모델 분야 AI,Bio,Drug 단계 심화

참여자수

90

교수자/개설자

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학습기간

2024-09-01 ~ 2029-12-31

강좌소개

성명 김동섭 소속기관 한국과학기술원 강의 명 (주제) 단백질 구조 예측 및 단백질 설계를 위한 최신 딥러닝 기술 학습목표 - 단백질 구조 예측의 원리의 이해 - template-based 모델링을 통한 단백질 구조 예측법 이해 및 실습 - Alphafold를 이용한 단백질 구조 예측 모델 이해 및 실습 - 단백질 설계의 필요성 및 원리 이해 RFDiffusion을 사용한 단백질 설계의 이해 및 실습 분야 AI, Bio 단계 심화

참여자수

105

교수자/개설자

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학습기간

2024-03-01 ~ 2024-12-31

강좌소개

강의 소개 및 개요입니다. 성명 황상연 소속기관 HITS 과목명 Al 기반 protein-ligand interaction 예측 연구의 최신동향 강의시간 4 학습목표 Al 기반 protein-ligand interaction 예측 연구의 최신 동향 (2022) Protein-ligand interaction (PL) 예측을 위한 딥러닝 모델 연구의 최신 동향을 알아본다. 강의는 논문 리뷰로 진행되며, 2020년도 이후의 주목할 만한 PL 예측 모델 연구들을 살피고 관련하여 결합구조 예측 모델의 일부 또한 살핀다.     강의 선수과목 및 준비사항입니다. 선수과목  (권장) Al in Predicting Drug-Protein Interaction (sequence-based) (권장) Al in Predicting Protein-Ligand Interaction (structure-based) 참고자료 리뷰 대상 논문들 준비사항 없음

참여자수

65

교수자/개설자

-

학습기간

2024-03-01 ~ 2024-12-31

강좌소개

강의시간 강의내용 실습여부 1  - 면역 체계  - 항체 신약  - 항체의 기능과 구조   2  - 면역 데이터베이스  - 항체 데이터베이스  - 항체 넘버링 X 3  - 단백질 설계  - 항체 구조 예측  - CDR 구조 예측  - 항체 설계   O 4  - 치료용 항체의 면역원성  - 항체 인간화  - 인공지능을 활용한 항체 인간화 구분   X

참여자수

101

교수자/개설자

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학습기간

2024-03-01 ~ 2024-12-31

강좌소개

강의 소개 및 개요입니다. 성명 이유한 소속기관 카카오브레인 과목명 딥러닝을 이용한 단백질 도킹 강의시간 1시간 학습목표 딥러닝 기반 단백질-단백질 docking 에 대해 학습한다. 딥러닝 기반 단백질-저분자 화합물 docking에 대해 학습한다   강의 선수과목 및 준비사항입니다. 선수과목 신약개발을 위한 단백질 구조 예측 및 상호작용 예측 참고자료 Independent SE(3)-Equivariant Models for End-to-End Rigid Protein Docking (https://arxiv.org/abs/2111.07786) 준비사항 이론강의라 준비할 것 없음

참여자수

67

교수자/개설자

-

학습기간

2024-03-01 ~ 2024-12-31

강좌소개

강의 소개 및 개요입니다. 성명 석차옥 소속기관 서울대학교 과목명 신약개발을위한단백질구조예측및상호작용예측 강의시간 11 학습목표 1. 첨단 단백질 구조 예측 및 상호작용 예측의 원리를 배우고 예측 가능 범위를 파악한다.2. 신약개발에 활용될 수 있는 관련 소프트웨어 및 웹서버 활용법에 대해 익힌다.   강의 선수과목 및 준비사항입니다. 선수과목  선수과목 또는 관련과목 참고자료  https://www.rcsb.org/ Muhammed, Muhammed Tilahun, and Esin Aki‐Yalcin. "Homology modeling in drug discovery: Overview, current applications,and future perspectives." Chemical biology & drug design 93.1 (2019): 12-20.Ovchinnikov, Sergey, et al. "Protein structure determination using metagenome sequence data." Science 355.6322 (2017): 294- De Vivo M et al. Role of Molecular Dynamics and Related Methods in Drug Discovery. J. Med. Chem. (2016). Leaver-Fay A, Tyka M, Lewis SM, Lange OF, Thompson J, et al. "Rosetta3 an object-oriented software suite for the simulationand design of macromolecules". Methods Enzymol 487 (2010): 545–574.; Schoeder C T et al. "Modeling Immunity with Rosetta:Methods for Antibody and Antigen Design" Biochemistry 60 (2021): 825−846. C Norn et al, Protein sequence design by explicit energy landscape optimization. PNAS 2021. Mason, Derek M., et al. "Optimization of therapeutic antibodies by predicting antigen specificity from antibody sequence via deeplearning." Nature Biomedical Engineering 5.6 (2021): 600-612.https://wenmr.science.uu.nl/prodigy/https://zhanglab.dcmb.med.umich.edu/SSIPe/ 준비사항  노트북 사용, 사이트 가입, 프로그램 설치 등 준비사항 : FoldIt 웹사이트 가입 (https://fold.it/) : trDesign (https://github.com/gjoni/trDesign) 및 tensorflow 1.13 or 1.14

참여자수

215

교수자/개설자

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학습기간

2024-03-01 ~ 2024-12-31

강좌소개

강의 소개 및 개요입니다. 성명 홍동완 소속기관 가톨릭대학교 의과대학 과목명 알파폴드를 이용한 단백질 구조 예측 및 평가  강의시간 2시간 학습목표 인공지능 기반 단배길 구조 예측 도구인 알파폴드를 이용하여 주어진 아미노산 서열에 대해 단백질 구조를 예측하는 실습을 진행하고. 예측된 단백질 구조를 이해하고 이들 결과를 평가할 수있는 능력을 키운다.   강의 선수과목 및 준비사항입니다.   선수과목 단백질 데이터 베이스, 단백질 생물정보학 참고자료 - 도서, 웹사이트, 논문 등     준비사항 랩탑 컴퓨터, 데스크탑 컴퓨터  

참여자수

73